NCTS is de applicatie die de transitaangiftes beheert op basis van elektronische berichtenuitwisseling, deze berichtenuitwisseling is tussen verschillende partijen:  

• Tussen de economische operatoren en de douane (extern domein) 
• Tussen de verschillende douanekantoren van 1 land (nationaal domein) 
• Tussen de douanekantoren van verschillende landen (gemeenschappelijk domain) 

NCTS wordt gebruikt voor Unie douanevervoer en daaronder hebben we: 

• Extern douanevervoer: T1 
• Extern douanevervoer maakt het mogelijk om niet unie goederen van 1 plaats binnen de unie met schorsing van douanerechten en taxen zoals BTW en accijns te verplaatsen 
• Intern douanevervoer: T2 met de procedure intern douanevervoer kan de economisch operator tijdelijk de unie verlaten en terugkomen en de status van uniegoederen behouden 

NCTS wordt ook nog gebruikt voor Gemeenschappelijk douanevervoer: 

• Douanevervoer tussen het douanegebied van de unie en de andere CTC landen en ook douanevervoer tussen 2 CTC landen  
• De CTC landen zijn: Europese unie, IJsland, Zwitserland, Liechtenstein, Noorwegen, groot Brittannië, Turkije, Macedonië en Servië