De missie van de AAD&A is zowel door de Europese Unie als door de Belgische autoriteiten gedefinieerd. 

• We financieren de Europese Unie en België door het innen van accijnsrechten, douanerechten en btw (bij invoer).
• We beschermen de Europese Unie en België tegen oneerlijke en illegale handel en moedigen legitieme economische activiteiten aan.
• We beveiligen de Europese Unie en haar inwoners en garanderen de bescherming van het leefmilieu, waar nodig in nauwe samenwerking met andere autoriteiten.
• We faciliteren de legitieme handel, in evenwicht met douane- en accijnscontroles.